（一）颠覆国家政权罪与分裂国家罪的区别两罪都是极为严重的危害国家安全的犯罪，因此处罚很重，在条文上位于本章犯罪的前列。它们的区别主要是：（1）犯罪的直接客体不同。本罪客体是国家政权，后罪客体是国家统一。（2）犯罪行为内容不同。本罪是颠覆政权，后罪是分裂国家。（3）犯罪主观主面和犯罪目的相应地存在区别。
（二）颠覆国家政权罪与煽动颠覆国家政权罪的区别一是行为方式不同，本罪是组织、策划、实施的方式，后罪则是煽动群众的方式。二是犯罪故意不同，但两罪在犯罪的直接客体上、犯罪目的上是完全相同的，这正是它们被规定于同一条文的原因。
（三）在颠覆国家政权罪中行为人如果使用暴力手段时，应注意与本法第104条中武装暴乱罪的区别。如果行为人的行为性质属于武装暴乱的，则应依第104条规定的武装暴乱罪定罪处刑。
