根据刑诉法的规定，不起诉存在三种情形：绝对不起诉、相对不起诉、存疑不起诉。存疑不起诉是因为证据的原因而造成的起诉不能。
因此，从诉讼质量上讲，我们应当大力降低存疑不起诉率 。
1999年北京市检察机关在执法执纪检查工作中，对1998年度办理的各类案件进行了全面复查，发现1998年度全市各级检察机关作出各类不起诉决定的案件共有166人，其中绝对不起诉54人，相对不起诉38人，存疑不起诉74人。存疑不起诉率比往年增加45％。
从对存疑不起诉案件进行的分析来看，存在一些问题，应引起我们足够的重视。
存疑不起诉的原因
（一）侦查阶段收集证据不及时、不全面，难以弥补。在存疑不起诉的案件中，由于侦查工作不得力，造成存疑不起诉的16人，占存疑不起诉案件总数的10.4％。主要表现：1.有的侦查人员未能及时把握战机，致使证据湮灭，从而造成侦查困难。2.侦查人员证据意识不强，收集证据不全面，将本应收集的证据简单对待，甚至不予收集，使证据链条上出现缺口，客观上给犯罪嫌疑人翻供、证人翻证提供了可乘之机，造成证据不足的局面。
（二）补充侦查的针对性不强，盲目性较大。存疑不起诉是以移送起诉的案件经过退回补充侦查仍不符合起诉条件为前提的，因此退回侦查机关和自侦部门补充侦查是一个关键环节。从1998年度存疑不起诉的情况看，导致一些案件存疑不起诉的原因是补充侦查带有较大的盲目性。有的检察人员所列的补充侦查提纲缺乏针对性，对于定性起决定作用的关键证据没有通过补充侦查加以完善和充实，导致此问题发生的原因在于有的承办人对于法律规定的某种犯罪构成要件缺乏深刻的理解，特别是对那些修订后刑法新规定的罪名的构成要件缺乏深入的探讨与研究。在承办此类案件时只是凭过去积累的那些经验审查、分析、判断证据，因此对案件中存在的问题把握不准，导致补充侦查的盲目性较大。加之侦查机关对补充侦查的案件通常所采取的你要求什么我补充什么的习惯性作法，造成时限用尽，但关键证据仍未补充的被动局面，最终只好作存疑不起诉处理。
（三）对犯罪嫌疑人的翻供，未采取有力对策，使案件的事实无法再继续查清。由于犯罪嫌疑人在案发后处于将要和可能要被处以刑罚处罚的不利诉讼地位，因此，为了减轻或规避法律对其惩处，在审查起诉阶段推翻前供或时供时翻的现象经常发生，从而给案件审查带来困难，特别是在那些口供与其他证据一对一的案件中（如受贿案等）。口供的变化有时会给案件的审查判断带来阻碍，甚至使案件处理处于进退两难的困难境地。犯罪嫌疑人时供时翻，或“一翻到底”的原因很复杂，除犯罪嫌疑人反侦查、反讯问等因素外，与侦查阶段的调查取证和审查起诉阶段提讯的方法、策略等都有一定的关系。如在提讯时不能围绕案件事实的要害问题有步骤地迂回进行讯问，或过早暴露讯问的直接目的，或不适时地向犯罪嫌疑人出示一些非关键性的直接或间接证据，不但不能迫使其就范，相反，往往会使犯罪嫌疑人猜测到办案人员的讯问意图，增加其反侦查（讯问）的信心，人为地造成侦查困难。
（四）调查取证不细致，证人证言之间的矛盾不能合理排除。在1998年度存疑不起诉案件中，由于证人证言之间的矛盾不能合理排除，致使案件存疑不起诉的13人，占存疑不起诉案件的12.8％。有些办案人员在办案中缺乏深入细致的“对比排他”工作。因为对证人证言的采信程度主要取决于办案人员对犯罪嫌疑人口供以及其他证据的相互印证和分析，对于相互矛盾或存在重大差异的证言，办案人员要客观细致地分析证人与犯罪嫌疑人有无利害关系、侦查阶段证人作证的时间、地点、周围环境；证言之间的矛盾点以及产生矛盾的原因，有针对性地进行调查、核实工作，排除疑点，化解矛盾，而不能你怎么说我怎么记，将矛盾留给后面的诉讼阶段去解决，这样就难免造成经补充侦查仍证据不足的情况，致使案件存疑不起诉。
除上所述外，造成案件存疑不起诉的原因还有检察院内部的侦查与起诉部门对证据是否充分的认识不尽相同，如对某一案件已有的证据，侦查部门认为确实充分符合起诉标准，而起诉部门认为证据还不充分，一些怀疑尚不能排除，需要继续做工作，因而作了存疑不起诉处理。
对降低存疑不起诉率的几点建议
在审查起诉工作中，存疑不起诉的运用是正常的，而且有利于维护犯罪嫌疑人的合法权益。然而，从惩治犯罪、维护司法公正，切实履行法律规定的职责出发，降低存疑不起诉率同样也是可行的。为此提出几点建议：
（一）加强法学理论知识的学习，提高业务素质。案件承办人要系统地学习修订后的刑法、刑诉法，还要对增加的新罪名、新条款反复研究探讨，在真正理解运用上下功夫。
（二）提高证据意识，注重对证据的审查判断。检察人员要从主观上认识到何谓案件事实已经查清，何谓证据确实、充分；侦查人员要善于抓住战机，讲究策略，以快速行动减少人为的证据变化或流失；
补充侦查的方向要明确，针对性要强，切忌含糊不清、主次不分。
（三）加强检察机关内部的制约机制。检察机关的自侦部门、批捕部门、审查起诉部门，要加强联系和协调，做到既相互制约，又相互配合、相互监督，尽量减少因对证据的认识不同而对案件存疑不起诉。
（四）加强请示、报告等办案制度，严把案件质量关。凡存疑不起诉的案件均须检委会讨论；重大、疑难或在社会上影响较大、公众关注的案件必须向上级院有关业务主管部门请示、汇报。
